Kopijų skaičiaus variacijų tyrimas
Kopijų skaičiaus variacijų (CNV) tyrimas - tai genetinė analizė, kuri nustato DNR segmentų, kurių kopijų skaičius skiriasi nuo normos, pokyčius. Šis tyrimas padeda identifikuoti su įvairiais sutrikimais, įskaitant neurologinius ir vystymosi sutrikimus, susijusias genetines priežastis. Jis dažnai atliekamas naudojantis mikrogardelių arba sekoskaitos metodais.
Funkcija
- Nustato DNR sričių, kurių kopijų skaičius padidėjęs (duplikacijos) arba sumažėjęs (delecijos), palyginti su etaloniniu genomu.
- Padeda diagnozuoti genetinius sindromus, tokius kaip DiDžordžo sindromas, Prader-Vilio sindromas arba autizmo spektro sutrikimai.
- Naudojamas vaisiaus genetinių anomalijų (pvz., 22q11.2 delecijos) prenatalinei diagnostikai.
Kilmė
- CNV gali atsirasti dėl mejozės klaidų, rekombinacijos sutrikimų arba aplinkos veiksnių poveikio.
- Kai kurie CNV paveldimi, kiti atsiranda de novo (naujai).
- Tyrimas atliekamas iš paciento kraujo, seilių arba audinių mėginio.
Procedūra
- Paimamas paciento kraujo mėginys (dažniausiai iš venos) arba seilių mėginys.
- DNR išskiriama ir pažymima fluorescenciniais dažais arba sekoskaitos priedais.
- Naudojant mikrogardelių (aCGH) arba viso genomo sekoskaitos (WGS) metodą, nustatomas DNR kopijų skaičius kiekviename lokuse.
- Gauti duomenys lyginami su etaloniniu genomu, siekiant nustatyti nukrypimus (delecijas, duplikacijas).
- Rezultatai pateikiami kaip ataskaita su nustatytomis patologinėmis variacijomis ir jų klinikine reikšme.
Kiti metodai
- Vaisiaus vandenų mėginys (amniocentezė) - prenataliniam tyrimui.
- Naujagimių kraujo mėginys - esant įgimtiems apsigimimams.
Ką reiškia teigiamas rezultatas?
- Nustatyta genomo sritis, kurioje kopijų skaičius skiriasi nuo normos (delecija arba duplikacija).
- Teigiamas rezultatas gali rodyti genetinį sutrikimą, pvz., 16p11.2 delecija susijusi su autizmu, o 22q11.2 delecija - su DiDžordžo sindromu.
- Ne visi CNV yra patogeniniai: kai kurie yra gerybiniai variantai be klinikinių pasekmių.
- Norint įvertinti reikšmingumą, atliekama literatūros ir duomenų bazių (ClinVar, DECIPHER) paieška.
Dažniausios patologinės CNV
- 22q11.2 delecija - DiDžordžo sindromas (širdies ydos, gomurio skilimas, imunodeficitas).
- 15q11-q13 delecija - Prader-Vilio sindromas (hipotonija, nutukimas, protinis atsilikimas).
- 17p12 delecija - Charcot-Marie-Tooth liga 1A tipo (periferinė neuropatija).
- 16p11.2 duplikacija - autizmo spektro sutrikimai, vystymosi atsilikimas.
Klinikinės indikacijos
- Neaiškios etiologijos protinis atsilikimas arba vystymosi sulėtėjimas.
- Įgimti apsigimimai (pvz., širdies, inkstų, galvos smegenų).
- Autizmo spektro sutrikimai, kai neaiški genetinė priežastis.
- Prenatalinė diagnostika, kai echoskopija rodo struktūrinius pokyčius.
- Šeiminė paveldimų ligų istorija (pvz., genetinės neurologinės ligos).
Specialistai, skiriantys tyrimą
- Genetikas (klinikinis genetikas)
- Neurologas
- Vaikų vystymosi specialistas
- Akušeris-ginekologas (prenataliniuose tyrimuose)
